とある科学の一方通行

夏休みの終わった学園都市。新学期の始まる中、とある事件で負傷していた学園都市第一位の『超能力者（レべル５）』アクセラレータは、いまだ入院生活を送っていた。その傍らには、なにかと世話を焼こうとまとわりつくラストオーダーの姿もあった。アクセラレータに命を救われていた彼女は、彼の快方を喜び『包帯取れた記念パーティ』を画策、『妹達（シスターズ）』を動員してその準備にいそしんでいた。そんな平和な昼下がり、病院を完全武装した数人の『警備員（アンチスキル）』が訪れる。第四学区にある大気連続体力学研究施設で開発中の実験機器盗難事件が起こり、その機器が対アクセラレータ用秘匿兵器と判明したというのだ。当然、犯人の狙いはアクセラレータ本人。彼らの襲撃により病院は一転、騒然となり――。